使用過程中，將細菌接種在保存管內，放置于-20℃或-80℃環境中可長期保存。（-20℃可保存一年，-80℃可保存兩年）。
細菌菌株的保存始終是實驗室一個必不可少的工作。長期以來，形成了平板傳代法、斜面傳代法、凍干法等多種
保存方法。隨著可保存時間的由短到長，保存復雜程度及對相應設備的要求也是逐步增加。如何取得可保存時間與保存復雜程度之間的最佳關系，是菌種保存方法的關鍵。
1.菌種保存管材質為聚丙乙烯，可耐 -197℃低溫。
2.菌種保存管內裝 25個左右多孔小瓷珠，該小瓷珠表面多孔，細菌可以很方便的吸附在上面。
3.菌種保存管內裝細菌凍存保護液，使菌株免受保存液溫度變化及冰晶的影響。實現長期保存。
滅菌與保存:
菌種保存管整體由r射線滅菌，在使用前可室溫存放。
在未經使用前，可存放 1年。
菌種保存管可保存一般細菌、苛刻菌，霉菌、酵母菌等真菌也可在低溫條件下通過菌種保存管保存，因此菌種保存管被廣泛應用于臨床領域（臨床藥敏試驗菌株的保存）、疾控領域（監測分離到的菌株的保存）、菌種保存中心（菌株的日常取用與保存）以及制藥企業（陽性對照菌株保存和取用）等領域。
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